Buenos días Marcos,
Puedes registrar el logo y el nombre comercial en la OEPM si es a nivel nacional o a través de la EUIPO si quieres registrarlo en todos los países de la UE o a nivel internacional ( OMPI).
Y sobre el software o programas informáticos, también puedes registrarlo en el Registro de Propiedad Intelectual. Para poder registrarlo tienes que cumplir una serie de requisitos y presentarlo junto a la solicitud:
1º. La totalidad del código fuente en formato digital
2. El ejecutable del programa. Si no se presentase este, deberá justificarse esta circunstancia en la memoria a la que se refiere el apartado siguiente..
3. Una memoria que contenga una breve descripción del programa, el lenguaje de programación, el entorno operativo, un diagrama de flujo y el listado de ficheros.
Te dejo por aquí la página del Ministerio para que puedas ojear:
https://www.cultura.gob.es/cultura/...istro-obras/como-registrar/progordenador.html
Sobre las mejoras o adaptaciones lo que tienes que tener en cuenta es si son pequeñas actualizaciones que no será necesario que las registres porque la obra y los derechos de autor ya se entienden registrados o si por el contrario, son mejoras significativas o nuevas versiones que en este caso, y dependiendo de la importancia de la misma puedes plantearte registrar la nueva versión para asegurarte una mayor protección.
Lu.